La molécule FE, associée de cette façon, offre la possibilité d'appariement de l'anticodon avec le codon, mais ce faisant, elle entrave l'inclusion de l'acide aminé au peptide en construction. L'identification initiale du codon sert à FE comme signal d'hydrolyse du GTP jusqu'au GTP+P, après quoi FE se détache du ribosome sans l'ARNt et la synthèse de la protéine continue. Grâce à FE il y a un court délai entre l'appariement du codon avec l'anticodon et l'élongation du peptide, ce qui permet à l'ARNt de se séparer du ribosome.
Une « mauvaise » molécule d'ARNt appariée au codon-anticodon, disposant de moins de liaisons hydrogène, que la «bonne» molécule ; c'est pourquoi elle est plus faiblement attachée sur le ribosome et donc elle a plus de chances de se détacher durant ce délai... ». En commentant , ce long extrait, si important pour nous, on peut dire, que l'accent est mis sur la reconnaissance mutuelle des ARNt et des acides aminés par le biais de l'aminoacyl-ARNt-synthétase . Le mécanisme n'en est pas clair. En ce qui concerne l'exactitude de la reconnaissance de l'anticodon par le codon, elle est illusoire en raison de l' «in-définition» (vobbulation) du troisième nucléotide , que nous avons déjà commenté.
Il semble, que le choix parmi les doublets-homonymes soit réalisé par des mécanismes de résonance ondulatoire (d'associations guidées par le contexte, holographiques) et ce qu'on appelle des « processus d'arrière-plan » (cm. ci-dessous). Jusqu'à présent, ils étaient exclus des expériences et des débats, mais désormais, c'est évident, cela devient indispensable. L'homonymie (l'ambiguïté) du code peut être surmontée exactement de la même manière, que cela se passe dans les langues naturelles ,- en plaçant l'homonyme, comme partie, dans l'entier, c'est à dire. dans la phrase complète, dont le contexte permet le décryptage de l'homonyme et lui assigne une signification unique, en créant ainsi l'univocité . C'est pourquoi l'ARNm en guise de « phrase » ou de «proposition» doit travailler pour la synthèse des protéines comme un tout codant fonctionnel , qui fixe la séquence des acides aminés au niveau des associés par les ARNt aminocylés , qui interagissent en complément avec la molécule d'ARNm en entier. En même temps, le rôle des intervalles A,P du ribosome, s'ils sont réels, consistent dans l'acception de tels associés — les précurseurs de la protéine avec une ligature enzymatique des acides aminés dans la chaîne peptidique. Dans ce cas, il se produira une sélection unique, axée sur le contexte de codons-doublets anciennement homonymes. En relation avec cela, vous pouvez prédire, que l'interaction des ARNt aminoacylés avec l'ARNm possède un caractère de phase collective selon le type de ré-associations (du « recuit ») des chaines solitaires d'ADN, lors de la baisse de la température, après la « fusion » du polynucléotide natif.
Existe-t-il des données expérimentales, qui pourrait être interprétées de cette manière? Elles sont nombreuses et elles sont résumées dans l'étude analytique [52]. Voici certains d'entre eux.
Il est connu, que la reconnaissance correcte des codons terminaux par les molécules d'ARNt, dépend de leur contexte environnemental, en particulier, de la disponibilité de l'Uridine après le codon d'arrêt et, en outre, dans le travail[3] il est montré clairement le fait suivant. L'insertion d'une ligne de neuf codons ACU-leucine rarement utilisés, après le 13ème codon comme partie de l'ARNm de test constitué de 313 codons, inhibent considérablement leur traduction sans un impact explicite sur la traduction d'autres ARNm, contenant des codons ACU. Inversement, une chaîne de neuf codons de CUG-leucine fréquemment utilisés, dans les mêmes positions, n'avait pas d'effet prononcé sur la traduction. En même temps il n'était pas rare, que des codons rarement utilisés n'affectaient pas ce processus, s'ils étaient introduits après le codon 223 ou 307. Des expériences additionnelles ont montré, qu'un fort effet de position de codons rarement utilisés ne peut s'expliquer par des différences dans la stabilité de l'ARNm ou la rigueur de la sélection des ARNt appropriés. L'effet de position devient compréhensible, disent les auteurs, si l'on admet, que les séquences traduites sont moins stables vers le début de la lecture : le ralentissement de la traduction via une faible utilisation de codons, qui précèdent dans le message, ce qui conduit à la désintégration des produits de la traduction, avant que la traduction ne soit terminée. Comme nous pouvons le voir, pour le traitement de leurs propres expériences, les auteurs introduisent des suppositions grossières à propos des produits de traduction, des hypothèses, qui ne découlent pas de leur travail, et qui nécessitent des recherches spécifiques et sensible. En ce sens, notre idée de l'orientation contextuelle dans la conduite de la synthèse des protéines est simple, bien qu'il ne soit pas facile de la prouver expérimentalement. Le travail cité éclaire bien la ligne stratégique d'influence des inclusions de codons dans l'ARNm, strictement définis et éloignés du lieu de formations de la liaison peptidique, sur l'inscription ou la non-inscription d'un acide aminé particulier, dans la protéine synthétisée. Il s'agit précisément d'une influence lointaine, mais dans le travail cité on ne fait que le constater, tout en demeurant incompréhensible pour les chercheurs, et, apparemment, à cause de cela il n'est même pas discuté.
