Si l'on s'en tient aux vieux dogmes du code génétique, il est logique de penser, que deux acides aminés différents, codé par deux nucléotides identiques (le troisième n'étant pas signifiant) des codons de l'ARNm, vont s'inclure dans la chaîne peptidique, avec une probabilité identique, c'est à dire. par hasard. Et on peut dénombrer six de telles ambiguïtés appariées, même dans le code non mitochondrial, si on ne compte pas les deux qui sont associées aux codons-stop (en effet ce sont des « non sens » ou des inutiles). Mais alors, y aurai-t-il une «indulgence pour permettre» de fréquentes et aléatoires substitutions d'acides aminés durant la synthèse des protéines? Cependant, il est connu, que de tels remplacements aléatoires, dans la plupart des cas, ont des conséquences extrêmement négatives pour l'organisme (l'anémie falciforme, la thalassémie, etc..). Il y a là une contradiction évidente: Il y a un besoin de précision (l'univocité ) dans la relation «du signifié au signe» (acide aminé-codon), et code inventé par les savants n'assure pas cette univocité. Par conséquent, la représentation existante et communément admise (des mécanismes emblématiques) de la synthèse des protéines nécessite une analyse complémentaire. À ce propos livrons nous à un examen approfondi des principes du code génétique, qui furent proposés dans les années 60. Comment ont énuméré et évalué les bizarreries apparentes de la théorie et l'expérimentation dans ce domaine, les auteurs principaux, F. Crick, M. Nirenberg et leurs disciples?
Le point d’achoppement de la controverse concerne les correspondances ambigües (acide aminé-codon) qui figurent au tableau ci-dessous:
Vous pouvez voir, que les couples de différents acides aminés sont codés par des doublets emblématiques de nucléotides des codons (« vobulants »: peu significatifs, selon F. Crick [4], et généralement illisible, selon Lagerkvist [[11]], les nucléotides sont décalés dans la référence). En termes de linguistique, on appelle ce phénomène l'homonymie, lorsque le même mot possède des sens différents ( par exemple, le mot « cousin », évoque soit l'insecte volant et piqueur, ou bien le fils de mon oncle). D'autre part, des codons différents redondants, qui désignent les mêmes acides aminés, ont été considérée comme synonyme depuis longtemps. Nous ignorons ce qui a été dit dans la littérature, à propos de l'homonymie dans le code génétique . Ainsi, si l'on considère les codons à triplet ou à doublet, comme des mots, alors le code lui-même apparait, entre autres choses, comme à deux dimensions, il est homonyme et synonyme. Selon ces considérations, le code se partage, comme il ressort du tableau, principalement, en familles par paires, redondants, mais de façon anbigüe, codant les différents acides aminés. Et c'est dans seulement deux des six cas que les doublet homonymes définissent des acides aminés proches par leur structure et leur fonction (les acides aspartique et glutamique, et l'asparagine et la lysine). En conséquence, lors d'un choix ambigu (et erroné) de l'acide aminé, la probabilité est grande que la synthèse de la protéine soit anormale, si vous suivez la logique commune du modèle de code . La plupart de ces doutes et suggestions sur l'avenir ont été exprimés en douceur, dans l'article de F. Crick et M. Nirenberg « Le code génétique »[[1]].
Nous citons ici textuellement les auteurs cités étant donné l'importance stratégique des principes du codage génétique: page 133: « la protéine... est une espèce de longue phrase, inscrit à l'aide de 20 lettres» . Voici une des comparaisons, premières et fructueuses, des protéines, suivie de celle de l'ADN, avec des textes de langage naturel, des comparaisons, généralement acceptées, dans un premier temps, uniquement comme une métaphore, puis développée et formalisée par nous, comme une structure quasi linguistique [[14],[25],[26],[29]]. Il y a dans cette analogie remarquable, l'embryon de la future sortie de la plate compréhension et sans issue, de la nature des gènes, c'est le précurseur de la notion des codes de forme (le mot est comme une forme), et c'est en conformité avec les idées de Gurvitch, de Lioubishtchev et de Beklemishev, qui ont également vu dans les chromosomes des structures potentielles, ondulatoires, de formes, et même esthétiques, comme un noyau organisateur du système biologique.
