Ainsi, l'algorithme pour résoudre le chemin Hamiltonien d'après Adleman est le suivant:
[1]. Les chemins aléatoires sont représenté par un graphe.
[2]. On ne conserve que les chemins , qui commencent (dans le cas des villes A,B,S,D,E,F,G) au le Départ à la ville A et qui se terminent par l'Arrivée en la ville G.
3. Si une ville possède n villes reliées, on ne conserve que les chemins vers les n villes (avec n = 7).
4. On ne conserve que les chemins , qui traversent toutes les villes, qu'une seule fois.
[5] . Tous les chemins restants, sont des solutions acceptables. Les étapes de la biologie moléculaire pour l'obtention de la solution, se réduisent aux opérations suivantes:
a) Synthèse des ADN simples brins (singletons).
b) Leur séparation d'après leur longueur, en retenant les ADN à 20 bases.
b) Mélange dans des éprouvettes.
ville de) Sélection des brins d'ADN aux séquences connues.
..) La sélection par ré-association des ADN complémentaires à doubles brins.
que) L'amplification par PCR (polymérase chain réaction) c'est l'ADN.
f) La découpe de l'ADN par des restrictases.
g) Ligature des ADN, complémentaires par leurs « extrémités cohésives ».
et ) Détermination de la présence d'ADN marqués dans les éprouvettes.
Quelle est l'efficacité d'un tel système de « calculs»? Alors que les ordinateurs numériques existants produisant 109 opérations par Joule, « l'Ordinateur ADN » peut faire 21019 opérations par Joule, soit 1010 fois plus efficace. La densité de l'information dans l'ADN est de 1 bit / nm3, et dans les ordinateurs existants, 1012 nm3 contiennent 1 bit [50]. Néanmoins, est-ce que l'utilisation de ce travail de l'ADN dans le cadre d'une telle méthodologie, est un vrai travail d'ordinateur? Non. Dans cette version,, dans des conditions contrôlées, et spontanément, il s'accumule une énorme quantité de «chemins-ADN», dans des modes parallèles . Y compris des choix convenables (chemins optimaux). Ce n'est qu'après que commence le calcul réel, mais il est réalisé par les gens. Une sélection significative des fractions de l'ADN, c'est là le processus d'obtention de la solution du problème du « voyageur de commerce » . Ici, c'est l'être humain qui est dans le rôle de l'ordinateur , sa participation mentale est la condition d'obtention d'une réponse. Mais il n'est pas impliqué dans la programmation de l'ADN, Ce qui aurait rapproché ce travail du calcul numérique programmé bien connu. L'ADN lui-même est déjà« programmé » sur la complémentarité, par l'évolution des systèmes vivants. Les brins solitaires d'ADN sont initialement capables d'auto-reconnaissance. Fondamentalement, cette complémentarité d'Adénine-Thymine, et de Guanine-Cytosine ne sont assurées que dans la phase finale, par les liaisons hydrogènes à l'action rapprochée entre les bases azotées . Les « repérages » préliminaires entre les ADN singletons, ainsi qu'entre ARNt-ARNm, antigène-anticorp, etc... se réalisent grâce aux interactions distantes ondulatoires (« les identifications »). Cette capacité de l'ADN peut être appelée la capacité élémentaire de reconnaissance des formes , et par conséquent, et au computing. Mais c'est un phénomène d'un autre genre, à savoir, du computing-ADN ondulatoire. La différence fondamentale entre le calcul par ADN ondulatoire et le calcul numérique électronique, c'est qu'il fonctionne sur des images et des quasi- discours [[1], [30]]. L'ordinateur bio ne fonctionne pas avec les nombres, comme des équivalents de la richesse (telles, par exemple, la monnaie), mais avec la richesse elle-même. Tel que mentionné, les problème du « commis-voyageur » sont résolus dans des actes d'auto-assemblage , in vitro ou in vivo, comme la biogenèse des ribosome , avec succès et spontanément , ou des virus, des membranes, les protéines poly-monomères, ainsi que dans les processus d'auto-organisation de l'appareil chromosomique après la mitose et la méiose. En outre , ces mécanismes sont utilisés par la cellule lors des de la découverte de moyens de rapprochement dans les réactions antigène-anticorps , ARNt-ARNm, protéine réceptrice, etc... Dans ces actes sont accomplis des recherches rapides et le repérage des vecteurs d'onde optimaux de l'auto-organisation des biosystèmes, dont l'expression la plus élevée est la morphogenèse biologique.
Le parallélisme et l'amplification des fragments restreints d'ADN, avec la replication d'une multitude de « solutions », dans le modèle de « calcul » d'Adleman peut également être considérée comme un exemple de non-localité artificielle, générée dans l'espace des éprouvettes « ADN-sémantique », parce qu'il n'y a aucune contrainte spatiale et temporelle, d'une « solution » précise du problème du « voyageur de commerce ». La localité ici ne se produit qu'après l'adoption de la décision réelle, dans le cerveau de la personne, après la sélection de certaines fractions des « ADN victorieux ». L'utilisation correcte et efficace de l'ADN, en tant qu'élément d'information principal d'un bio-ordinateur potentiel , est inconcevable sans une compréhension des nouvelles fonctionnalités des molécules génétiques, dans les systèmes biologiques. Il aurait semblé, en ce qui concerne le rôle de l'ADN, que tout semble clair depuis qu'on a découvert le code génétique, et il y a une demi-douzaine de lauréats du prix Nobel. Il apparait même, d'évidentes avancées en génie génétique. Ces dernières années, cependant, il est apparu, que tout n'était pas si rose. En effet, la génétique et l'embryologie ont atteint un nouveau niveau, où les connaissances sur l'ADN, en tant que vecteur du code à triplet des protéines, s'avère être insuffisant. Tout comme il y a des décennies, nous ne savons pas le plus important: comment est écrite l'information définissant la structure de notre corps, dans les chromosomes, et comment elle est lue. Le modèle universellement accepté du code génétique n'est qu'une faible approche pour comprendre les programmes de construction du corps humain. Déjà le fait, que ce modèle puisse supposer que la majeure partie de l'ADN dans les chromosomes ne soit qu'un « déchet », ne jouant aucun rôle, met en cause sa validité. C'est précisément cette partie « non-codante » du matériel chromosomique qui nécessite une façon de penser nouvelle, particulièrement en essayant de créer un ordinateur à ADN, sans parler de notre désir de comprendre le phénomène de l'apparition de la Vie.
