Il y a dans le modèle de code, une contradiction majeure, que F. Crick, en 1953. a essayé de supprimer à l'aide de ce qu'on appelle. la « wobble hypothèse ». Elle postule une correspondance ambigüe entre les codons et les acides aminés dans les protéines codées par les gènes, et elle évoque la possibilité d'un appariement non canonique et aléatoire du premier nucléotide de l'anticodon de l'ARNt (ARN de transfert) avec le troisième nucléotide du codon ARNm (ARN messager) quand il est transcrit dans une protéine. En termes simples, pendant la synthèse de la protéine, il apparait la possibilité d'une correspondance non rigoureuse entre les acides aminés et les codons-anticodons à cette position. Cela implique les points suivants, Il en résulte que pourraient se former les paires de bases non canonique , ne diffèrent pas significativement selon les paramètres géométriques (de Guanine-Uridine, etc.). En outre , la wobble-hypothèse , et même le schéma entier de Crick (du modèle) de la protéine, induit automatiquement , que dans les codons ( triplets) des gènes, seules les deux premiers nucléotides (les doublets) vont coder les séquences d'acides aminés, dans la chaine protéique. Alors que les troisièmes nucléotides du codon, ne participent pas au codage de la séquence d'acides aminés, dans les protéines. Bien que ces troisièmes, soient bien déterminés rigoureusement par la molécule d'ADN , mais ils permettent des appariements arbitraires, aléatoires, non canoniques, avec les premiers nucléotides de l'ARNt des anticodons, transférant les acides aminés. De ce fait, ces premiers nucléotides d'anticodons peuvent être l'un des 4 possibles. En conséquence, les troisième nucléotides dans les codons, et les premiers de l'anticodon appariés avec eux, n'ont aucun signe de caractère emblématique et jouent le rôle de «béquilles stériques », remplissant « l'espace vide » dans les liaisons codons-anticodons. Autrement dit, le premier nucléotide dans l'anticodon est accidentel, il « wobble » de l'anglais « to wobble » (se balancer, osciller, sautiller). Ceci est très important et je vous dirait pourquoi. Étant donné qu'il n'y a que 64 codons, et 20 acides aminés, il en résulte une surabondance de codons, et aussi de doublets codants . Cet excès, si on utilise une analogie linguistique, s'appelle une synonymie, c'est à dire. plusieurs doublet peuvent coder pour le même acide aminé, de là, il est clair qu'il existe des ARNt isoaccepteurs (ARN de transfert), qui transportent des acides aminés sur un site A du ribosome. Cette générosité synonymique est même favorable: c'est une redondance de l'information. Mais lors de la synthèse protéique, il est inévitable qu'apparaissent des situations, lorsque des doublets identiques d'un codon d'un ARNm, sont contraint de «transcoder» d'une certaine façon des acides aminés distincts ou/et des codons-stop. Je rappelle, que les 1ers et 3èmes nucléotides dans la liaison « auxiliaire » codon-anticodon sont hors du « jeux » semantique, et cela donne lieu à une ambiguïté linguistique, c'est à dire. à une situation d'homonymie. Comme, par exemple, le mot « cousin », lorsque sa signification est ambiguë. Et, en conséquence,, le ribosome, qui lit (des doublet homonymes) de codons , sera contraint de choisir parmi deux acides aminés différents, de l'ARNt (de transfert) , l'unique acide aminé «correcte» et/ou le codon-stop. Si le choix est incorrect, la protéine sera anormale, ce qui peut conduire à la catastrophe métabolique et à la mort de l'organisme. Comment est-ce que se fait ce bon choix? Alors qu'il est, précis, et jusqu'à 99,999% . Le ribosome est sans erreurs, et il semblerait, si l'on suit le modèle du code, que le modèle de Crick! ne l'explique pas . Et F. Crick l'avait vu et le reconnaissait , dans ses mémoires, publiées peu de temps , avant sa mort, mais il s'est dissimulé derrière la feuille de vigne de sa « wobble-hypothèse ». Et toute la génétique ultérieure n'a pas commenté ce trou béant dans le modèle du code : le modèle est contradictoire, imprécis, mais la synthèse des protéines, néanmoins, est infaillible. Et ce n'est qu'en 1978. que le suédois Ulf Lagerkvist a dénoncé ouvertement cette contradiction dans le modèle de code . Mais Lagerkvist également n'a pas proposé d'explication cohérente, il n'a pas aggravé le problème, mais n'a fait qu'un constat. Cela satisfaisait tout le monde, que la synthèse des protéines soit un processus précis et qu'il ne fallait pas attendre plus du modèle de Crick, en quelque sorte, ça n'est pas demandé. « L'épouse de César est au-dessus de tout soupçon ». Et puis sont apparu les travaux sur ce qu'on appelle. « les orientations contextuelles lors de la transcription de l'ARNm par les ribosomes ». C'était le moment de vérité. Il a été démontré expérimentalement, que le choix des acides aminés par le ribosome, dans la situation d'homonymie et dans d'autres situations, dépend non seulement des doublets du codon, mais aussi du contexte de l'ARNm. Tout comme dans la parole humaine (dans les textes), consistant, par exemple, l'homonyme « cousin » acquiert une signification précise uniquement dans le contexte de l'intégralité de l'expression ou de la phrase. Ce fait fondamental n'a été que constaté par les biologistes. Et c'est tout. Aucune analyse, sur la raison de ce phénomène, et ce que cela signifie.
