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Lorsque les oncogènes ou le génome du VIH, occupent une certaine position dans l'espace 3D du chromosome des cellules hôtes, elles ne se manifestent pas comme facteurs pathogènes pendant un certain temps. En ce sens, le comportement du VIH dans le corps d'une personne infectée est imprévisible. La période d'incubation du VIH peut varier d'une semaine à 10 ans. On considère qu'il existe, un certain mécanisme d'induction de l'infection par le VIH d'un état latent "en sommeil", mais le mécanisme n'est pas compris, et par conséquent, on manque l'occasion de forcer le VIH à « dormir » dans le corps humain pour toujours. L'organisme et les cellules « ne le remarquent pas » ou encore, comme dans le cas des oncogènes, l'utilisent avec de bonnes intentions, comme des facteurs de croissance. Pourquoi sont ils perçus en adéquation (correctement) par l'organisme jusqu'au temps X puis ils se transforment sémantiquement , provoquant la catastrophe managériale dans les cellules, après un temps X? Selon notre logique, on peut penser, que dans des états pathologiques, tout comme dans la normale, quatre facteurs sont à l'œuvre, au moins, ces quatre facteurs induisent l'auto-organisation dûe à « l'état holographique » et « linguistique» du génome, à ses antécédents (au contexte) et à sa non-localité quantique.
Évolution des biosystèmes a créé leur propre "textes" génétiques et le génome-bio ordinateur comme un "objet" quasi intelligent. À son niveau, il "lit et comprend" ces textes. Il est extrêmement important pour soutenir cette base de « caractère raisonnable » du génome, de constater que les langues naturelles ( quelle que soit la langue) et les textes génétiques présentent des caractéristiques mathématico-linguistiques et d'entropie statistique comparables. Cela s'applique, en particulier, à la notion de la fractalité de distribution de la densité des fréquences d'apparition des lettres (pour les « textes » génétiques, les lettres sont des nucléotides) [[13]].
Une autre confirmation de l'interprétation linguistique des fonctions de codage du génome a été obtenue par des chercheurs américains [[14]]. En travaillant sur des séquences codantes et non codantes de l'ADN des eucaryotes (dans le cadre des vieilles notions de gènes), ils sont venus à la conclusion, semblable à la nôtre. Elle est en contradiction avec le dogme en ce, que les fonctions emblématiques ne soient localisées que dans les segments d'ADN codant pour des protéines. Ils ont appliqué la méthode de l'analyse statistique des textes naturels et musicaux, connue comme la Loi de Tzipf-Mandelbrot, ainsi que le postulat célèbre de la redondance de l'information textuelle , de Shannon, calculé d'après l'entropie des textes (À propos de l'entropie des textes et de la statistique de la distribution des mots dans les textes, voire, par exemple, les travaux [15-18]). En conséquence, ils ont trouvé, que les zones « non codantes » de l'ADN (les zones "space", les zones des introns et d'autres) sont plus ressemblantes à des langues naturelles, que les zones « codantes ». Partant de celà, les auteurs suggèrent, que les séquences « non codantes » des molécules génétiques sont la base d'un (ou plusieurs) langages biologiques. En outre , les auteurs ont développé un algorithme statistique pour trouver les séquences de codage de l'ADN , qui a révélé, que les régions codantes pour des protéines ont des corrélations de longue portée, considérablement moindres , que les zones qui séparent ces régions. La distribution des séquences d'ADN s'est avérée tellement complexe, que les méthodes utilisées ne fonctionnaient plus efficacement sur les longueurs, dépassant la plage de 100 à 10 000 paires de bases. La distribution Mandelbrot Zipf pour la fréquence d'apparition « des mots » avec le nombre de nucléotides de 3 à 8 a montré la meilleure correspondance au langage naturel pour les séquences non codantes que pour les séquences codantes. Rappelons, que les auteurs traitent le codage comme un enregistrement de l'information sur la séquence des acides aminés, et rien de plus. Et c'est là le paradoxe, qui les a contraint d'affirmer, que les régions non codantes de l'ADN ce n'est pas juste du « junk » (en anglais:. « le déchet »), mais des structures linguistiques, prévues dans un certain but, peu clair jusqu'à présent. Les corrélations à longue portée dans ces structures, les auteurs ne les comprennent pas non plus, bien que les séquences non codantes d'une complexité croissante sont découvertes dans l'évolution des biosystèmes. Et cela est démontré par l'exemple de la famille des gènes de la chaîne lourde de myosine dans la transition entre les faibles taxons dus à l'évolution, et les taxons de haute densité. Les données ci-dessus [[14]] coïncident entièrement avec nos idées, énoncées plus tôt et de façon indépendante [[1], [2]], qui, le fait que les séquences d'ADN « non codantes », ce qui est d'environ 99% du génome, constituent un contenu stratégique d'information des chromosomes. Il a une nature matérielle-ondulatoire et par conséquent il est multidimensionnel et il apparait, pour l'essentiel, comme une association figurative holographique et en même temps comme le début embryologique d'un programme sémantique et sémiotique, une suite sémantique et une conclusion logique de tout système biologique. Ayant compris intuitivement l'impasse de l'ancien modèle du code génétique, les auteurs [[14]] disent au revoir à l'ancien modèle du code génétique qui a si bien servi, avec une tristesse nostalgique, mais ils n'offrent pas, il est vrai, quoi que ce soit en remplacement.
L'ambiguïté homonyme-synonymique des textes génétique . Quelle est leur utilité pour l'organisme.
La propriété semiotique-sémantique fondamentale partagée des textes naturels et génétiques est leur synonymie et leur homonymie. Cela permet aux chromosomes, tout comme pour les textes naturels et de la parole, la redondance de l'information, la multiplicité des sens, c'est pourquoi est nécessaire la souplesse adaptative. La polysémie des mêmes textes génétiques devient univoque en raison du changement de position des séquences d'ADN dans l'espace du génome, par le biais de leurs transpositions et/ou de la transposition du contexte avoisinant. Cela est similaire à la situation dans les textes et les discours naturels, quand l'ambiguïté synonymo-homonymique des pièces du champ sémantique est levée par le contexte ou le « fond » (cm. « le concept du fond" [[19]]).
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