Генетический код

«Два из трёх» как признак квази сознания генома

Поставим такие вопросы: «воблирование», или благозвучнее, «воблинг» — синоним случайности ? Но случаен ли сам «воблинг» ? Представляется, что «воблинг» есть псевдо случайность. Обоснуем фундаментальную важность явления «как бы» случайности бытия 5’- нуклеотида в антикодонах в омонимичных ситуациях при синтезе белков рибосомой. Свя Связка3’-5’ нуклеотидов в кодон-антикодоне в омонимичной ситуации, видимо, «намеренно» является элементом гено-знаковой направленности рибосомной техники «чтения» иРНК. Причина этого в том, что, кроме прочего, белковый код является также и ментальной структурой, работающей с текстами иРНК, текстами не в метафори-
ческом смысле (поэтому в словосочетании Генетический Текст кавычки убираем), а с реальными текстами-мыслями, текстами – осмысленными командами. Обсуждаемая «как бы» случайность необходима.
Она дает гибкость коду, позволяя биосистемам в ходе естественного отбора осуществлять приспособительно-разведывательный белковый поиск, синтезировать пробные белки, подстраиваясь к переменчивым условиям внешней среды. Вот почему эта как бы случайность необходима. Белковый код синонимично щедр, богат, избыточен. Но одновременно он врастает через омонимию в другие, смысловые ареалы генетического кодирования на текстовом уровне иРНК, а возможно, и пре-иРНК.
Итак, мы имеем два вектора вырожденности кода белков — синонимический и омонимический. Первый обеспечивает избыточность информации по выбору аминокислот. Второй выводит из неопределенных ситуаций при их выборе, когда организму надо адаптироваться к окружающей среде путем набора пробных аминокислот и, соответственно, белков. И это определяется, зависит от фундаментального атрибута генетической информации – её реальных текстовости, лингвистичности, то есть смыслов. Если бы организмы автоматически руководствовались моделью кода в канонических Ниренберг-Криковских рамках и следовали бы ей без каких-либо поправок, то жизнь на Земле была бы невозможна. Однако в этом отношении все относительно спокойно. Синтез белка – достаточно точный процесс именно потому, что он использует приемы, свойственные лингвистике и логике, т.е сознанию. Рибосомный аппарат и геном в целом есть квази разумная система, читающая текст иРНК потриплетно (локально, по частям) и вместе с тем как целое – континуально, нелокально. Именно нелокальность чтения, осознавание геномом
смысла прочтенного снимает проблему омонимии кодонов. Каким образом это происходит?
Еще раз обратимся к полузабытой и недооцененной статье Лагерквиста, но не для того, чтобы снова и снова критиковать триплетную модель белкового кода. Она сыграла свою, отнюдь не слабую, роль в развитии генетики и биологии в целом. Цель в другом – понять белковый код как дуалистичную знаковую систему, оперирующую на основе слепой физико-химии, с одной стороны, и одновременно, с использованием квази смысловых построений текстов ДНК и РНК и квази ментальных функций генома, с другой. При этом триплетный код – лишь одна из множества подсистем кодирования и создания динамичного образа будущего организма, причем низшая подсистема. Непонимание этого тормозит развитие биологической мысли, приводит к бессмысленным и дорогим программам исследований. Лагерквист первым озвучил противоречивость триплетной модели белкового кода, но не понял причины [7] . Он пытался вывести модель кода из логического тупика, но безрезультатно. Он ничего не мог противопоставить очевидному и потенциально опасному, что правило «два из трех» выполняется для рибосомной трансляционной машины также и в условиях in vivo, «с частотой, которую нельзя не принять во внимание». Далее Лагерквист пишет: «Если это так, клетка с определенной вероятностью могла бы читать неправильно, и это будет означать наличие угрозы неправильной трансляции, если метод «два из трех» был бы использован не подходящим образом. В любых кодоновых семействах это ведет к ошибкам в белковом синтезе». Однако, Лагерквист не поясняет мысль об «использовании не подходящим образом» правила «два из трех». Это так и осталось для него вопросом без ответа. И почему «в любых кодоновых семействах»? Не «в любых», а именно в омонимических, и никак не в синонимических. Этого Лагерквист тоже не понял. Но противоречие в модели кода он все-таки видит, но иллюзорно снимает его следующим образом: «… те места в коде (в иРНК (ПГ)), где метод чтения «два из трех» может привести к ошибкам трансляции, заняты исключительно кодонами с низкой вероятностью встречаемости. Такая организация кода и конкуренция между тРНК с антикодонами, способными прочитать все три положения (нуклеотидов) в кодонах, эффективно нейтрализуeт метод «два из трех» от его использования с угрозой неточной трансляции». Этот пассаж просто не соответствует истинному положению вещей, поскольку 50% кодонов омонимичны. Половина всех кодонов не может оцениваться как редко встречаемые. Но даже редко встречаемые омонимичные кодоны, при их неправильном прочтении, дадут ошибки в синтезе белков, что неприемлемо для организма. Даже один кодон-омоним, например сразу обнаруженный кодон UUU, способен внести хаос в биосинтез белков. Словом, видимые даже невооруженным глазом логические противоречия модели, попросту игнорируются. Такому игнорированию способствует ложно успокаивающий и хорошо известный факт, что рибосомы практически не ошибаются с выбором аминокислот. Все это привело к соблазну считать триплетную модель белкового кода корректной. Однако зияющие дыры в «канонической» модели кода слишком велики и слишком заметны при объективном анализе.